Stowarzyszenie Katolickiej Młodzieży Akademickiej powstało 28 grudnia 1988 roku w Warszawie. Od początku związane jest z Duszpasterstwem Akademickim przy Kościele Świętej Anny.

Celem Stowarzyszenia jest kształtowanie indywidualnych i społecznych postaw młodzieży akademickiej zgodnie z zasadami Kościoła Katolickiego w taki sposób, aby upowszechniać jej zaangażowanie w życie społeczności akademickiej, narodu i społeczeństwa.

W początkowych latach działalności stowarzyszenia wyodrębniono w nim sekcję międzynarodową, która zajmowała się organizacją wyjazdów i wymian z takimi organizacjami jak: Lingua Franca (Anglia), Heinrich Pesch Haus (Niemcy), European Catholic University Students Assosation (Hiszpania), Catholic Students Union (Szkocja) i sekcję krajową, która na przełomie 1998/1999 zawiązała Konfederacji SKMA z całej Polski. Obecnie podział na sekcje został zniesiony.

Stowarzyszenie nie ma charakteru politycznego, jest to organizacja non-profit - korzysta z dofinansowania MEN, MKiS, władz samorządowych i prywatnych sponsorów. Poprzez działalność koła terenowego SKMA na Uniwersytecie Warszawskim utrzymywana jest także współpraca z władzami uczelnianymi.